摘要
背景:越来越多的学者试图将其用作阿尔茨海默氏病(AD)和轻度认知障碍(MCI)的特定生物标记。多项研究表明,miRNA与轴突生长不良和突触结构丧失有关,两者都是AD的早期事件。 miRNA的总体丧失可能与衰老,AD发病率增加有关,也可能通过某些特定的分子机制与疾病有关。 目的:确定与阿尔茨海默氏病相关的miRNA可以帮助我们找到新的药物靶点,及早诊断。 材料和方法:我们使用基因作为连接AD和miRNA的桥梁。首先,利用蛋白质相互作用网络通过已知的AD相关基因寻找更多的AD相关基因。然后,通过miRNA与基因的相互作用获得每个miRNA与这些基因的相关性。最后,每个miRNA都可以获得代表其与AD相关性的特征向量。与其他研究不同,我们不会使用分类方法来随机识别出与AD相关的miRNA的阴性样品。在这里,我们使用半集群方法“一类SVM”。与AD相关的miRNA被认为是异常值,我们的目标是鉴定与已知与AD相关的miRNA(异常值)相似的miRNA。 结果与结论:我们鉴定了257种与AD相关的新型miRNA,并将我们的方法与SVM进行比较,该方法通过产生阴性样品而应用。我们的方法的AUC远高于SVM,我们进行了案例研究以证明我们的结果可靠。
关键词: 阿尔茨海默氏病,基因,miRNA,半集群,一类SVM,MMSE。
图形摘要
[http://dx.doi.org/10.2174/1574893611666160609081155]
[http://dx.doi.org/10.3389/fgene.2019.00020] [PMID: 30804977]
[http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkn714] [PMID: 18927107]
[http://dx.doi.org/10.1038/sigtrans.2015.4. eCollection 2016] [PMID: 29263891]
[http://dx.doi.org/10.1504/IJDMB.2013.056078] [PMID: 24417022]
[http://dx.doi.org/10.3389/fgene.2018.00515] [PMID: 30459809]
[http://dx.doi.org/10.2174/1574893612666170911143601]
[http://dx.doi.org/10.1093/nar/gky1051] [PMID: 30380072]
[http://dx.doi.org/10.1186/gb4116] [PMID: 23889814]
[http://dx.doi.org/10.1186/s13326-017-0143-z] [PMID: 29297389]
[http://dx.doi.org/10.3389/fgene.2018.00618] [PMID: 30619454]
[http://dx.doi.org/10.1186/s12864-018-5273-x] [PMID: 30598109]
[http://dx.doi.org/10.3233/JAD-160594] [PMID: 27662309]
[http://dx.doi.org/10.1155/2018/5018053]
[http://dx.doi.org/10.1007/s12035-015-9670-8] [PMID: 26746668]
[http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1812975115] [PMID: 30355771]
[http://dx.doi.org/10.1016/j.trci.2017.01.004] [PMID: 29067324]
[http://dx.doi.org/10.1016/j.tins.2011.05.005] [PMID: 21696834]
[http://dx.doi.org/10.3389/fgene.2019.00226] [PMID: 31001311]
[http://dx.doi.org/10.1186/1471-2318-13-137] [PMID: 24354549]
[http://dx.doi.org/10.3389/fgene.2019.00094] [PMID: 30891058]
[http://dx.doi.org/10.3389/fgene.2018.00657]
[http://dx.doi.org/10.1002/gps.4053] [PMID: 24318929]
[http://dx.doi.org/10.1016/j.jns.2013.10.002] [PMID: 24139697]
[http://dx.doi.org/10.3233/JAD-132144] [PMID: 24577456]
[http://dx.doi.org/10.1186/gb-2013-14-7-r78] [PMID: 23895045]
[http://dx.doi.org/10.1038/srep34820] [PMID: 27703231]
[http://dx.doi.org/10.1016/j.neurobiolaging.2018.08.008]
[http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1821550116] [PMID: 30755538]
[http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz254] [PMID: 30977780]
[http://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2019.2904965] [PMID: 30872239]
[http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bty002] [PMID: 29365045]
[PMID: 28968812]
[http://dx.doi.org/10.1186/s12864-017-4338-6] [PMID: 29363423]
[http://dx.doi.org/10.3389/fgene.2019.00003] [PMID: 30761178]
[http://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2017.2701379] [PMID: 28489543]
[http://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2017.2776280] [PMID: 29990255]
[http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bty112] [PMID: 29490018]
[http://dx.doi.org/10.2174/1566523218666181010101114] [PMID: 30306867]
[http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0070204] [PMID: 24116246]
[http://dx.doi.org/10.1186/1752-0509-4-S1-S2] [PMID: 20522252]
[http://dx.doi.org/10.1186/s12920-018-0414-2] [PMID: 30453964]
[http://dx.doi.org/10.1016/j.compbiolchem.2018.03.017] [PMID: 29573966]
[http://dx.doi.org/10.1186/s12859-018-2390-0] [PMID: 30309340]
[http://dx.doi.org/10.1186/1752-0509-7-101] [PMID: 24103777]
[http://dx.doi.org/10.2174/2211536606666170117112322] [PMID: 28124611]
[http://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2016.2550432] [PMID: 27076459]
[http://dx.doi.org/10.18632/oncotarget.20996] [PMID: 29156742]
[PMID: 27924018]
[http://dx.doi.org/10.1093/nar/gky1131] [PMID: 30476243]
[http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.3485] [PMID: 26226356]
[http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkt1023] [PMID: 24194601]
[PMID: 23193258]
[http://dx.doi.org/10.1021/acs.jproteome.9b00012] [PMID: 30698979]
[http://dx.doi.org/10.2174/1574893612666170125124538]
[http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bty039] [PMID: 29420699]
[http://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2016.2520947] [PMID: 26890920]
[http://dx.doi.org/10.3934/mbe.2019123] [PMID: 31137222]
[PMID: 31157855]
[http://dx.doi.org/10.2174/1574893613666181113131415]
[PMID: 30247625]
[PMID: 30428009]
[http://dx.doi.org/10.3233/JAD-170343] [PMID: 29036818]
[http://dx.doi.org/10.1007/s12035-015-9343-7] [PMID: 26189835]
[http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1600852113] [PMID: 26933222]
[PMID: 27048444]
[http://dx.doi.org/10.1007/s12031-018-1144-9] [PMID: 30088171]
[http://dx.doi.org/10.1261/rna.069112.118] [PMID: 30425123]