High-Resolution Profiling of Head and Neck Squamous Cells Carcinoma Identifies Specific Biomarkers and Expression Subtypes of Clinically Relevant Vulnerabilities

Bray, F.; Ferlay, J.; Soerjomataram, I.; Siegel, R.L.; Torre, L.A.; Jemal, A. Global cancer statistics 2018: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA Cancer J. Clin., 2018, 68(6), 394-424.
[http://dx.doi.org/10.3322/caac.21492] [PMID: 30207593]

Cramer, J.D.; Burtness, B.; Le, Q.T.; Ferris, R.L. The changing therapeutic landscape of head and neck cancer. Nat. Rev. Clin. Oncol., 2019, 16(11), 669-683.
[http://dx.doi.org/10.1038/s41571-019-0227-z] [PMID: 31189965]

Sung, H.; Ferlay, J.; Siegel, R.L.; Laversanne, M.; Soerjomataram, I.; Jemal, A.; Bray, F. Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA Cancer J. Clin., 2021, 71(3), 209-249.
[http://dx.doi.org/10.3322/caac.21660] [PMID: 33538338]

Wu, S.; Huang, C.; Su, L.; Wong, P.P.; Huang, Y.; Chen, R.; Lin, P.; Ye, Y.; Song, P.; Han, P.; Huang, X. Cancer associated fibroblast derived gene signature determines cancer subtypes and prognostic model construction in head and neck squamous cell carcinomas. Cancer Med., 2023, 12(5), 6388-6400.
[http://dx.doi.org/10.1002/cam4.5383] [PMID: 36404634]

Shield, K.D.; Ferlay, J.; Jemal, A.; Sankaranarayanan, R.; Chaturvedi, A.K.; Bray, F.; Soerjomataram, I. The global incidence of lip, oral cavity, and pharyngeal cancers by subsite in 2012. CA Cancer J. Clin., 2017, 67(1), 51-64.
[http://dx.doi.org/10.3322/caac.21384] [PMID: 28076666]

Solomon, B.; Young, R.J.; Rischin, D. Head and neck squamous cell carcinoma: Genomics and emerging biomarkers for immunomodulatory cancer treatments. Semin. Cancer Biol., 2018, 52(Pt 2), 228-240.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2018.01.008] [PMID: 29355614]

Lee, D.J.; Eun, Y.G.; Rho, Y.S.; Kim, E.H.; Yim, S.Y.; Kang, S.H.; Sohn, B.H.; Kwon, G.H.; Lee, J.S. Three distinct genomic subtypes of head and neck squamous cell carcinoma associated with clinical outcomes. Oral Oncol., 2018, 85, 44-51.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.oraloncology.2018.08.009] [PMID: 30220319]

Huang, C.; Liang, Y.; Dong, Y.; Huang, L.; Li, A.; Du, R.; Huang, H. Novel prognostic matrisome-related gene signature of head and neck squamous cell carcinoma. Front. Cell Dev. Biol., 2022, 10, 884590.
[http://dx.doi.org/10.3389/fcell.2022.884590] [PMID: 36081907]

Huang, C.; Chen, L.; Savage, S.R.; Eguez, R.V.; Dou, Y.; Li, Y.; da Veiga Leprevost, F.; Jaehnig, E.J.; Lei, J.T.; Wen, B.; Schnaubelt, M.; Krug, K.; Song, X.; Cieślik, M.; Chang, H.Y.; Wyczalkowski, M.A.; Li, K.; Colaprico, A.; Li, Q.K.; Clark, D.J.; Hu, Y.; Cao, L.; Pan, J.; Wang, Y.; Cho, K.C.; Shi, Z.; Liao, Y.; Jiang, W.; Anurag, M.; Ji, J.; Yoo, S.; Zhou, D.C.; Liang, W.W.; Wendl, M.; Vats, P.; Carr, S.A.; Mani, D.R.; Zhang, Z.; Qian, J.; Chen, X.S.; Pico, A.R.; Wang, P.; Chinnaiyan, A.M.; Ketchum, K.A.; Kinsinger, C.R.; Robles, A.I.; An, E.; Hiltke, T.; Mesri, M.; Thiagarajan, M.; Weaver, A.M.; Sikora, A.G.; Lubiński, J.; Wierzbicka, M.; Wiznerowicz, M.; Satpathy, S.; Gillette, M.A.; Miles, G.; Ellis, M.J.; Omenn, G.S.; Rodriguez, H.; Boja, E.S.; Dhanasekaran, S.M.; Ding, L.; Nesvizhskii, A.I.; El-Naggar, A.K.; Chan, D.W.; Zhang, H.; Zhang, B.; Agarwal, A.; Anderson, M.L.; Avanessian, S.C.; Avtonomov, D.; Bathe, O.F.; Birger, C.; Birrer, M.J.; Blumenberg, L.; Bocik, W.E.; Borate, U.; Borucki, M.; Burke, M.C.; Cai, S.; Calinawan, A.P.; Cerda, S.; Charamut, A.; Chen, L.S.; Chowdhury, S.; Clauser, K.R.; Culpepper, H.; Czernicki, T.; D’Angelo, F.; Day, J.; De Young, S.; Demir, E.; Ding, F.; Domagalski, M.J.; Dort, J.C.; Druker, B.; Duffy, E.; Dyer, M.; Edwards, N.J.; Elburn, K.; Ermakova, T.S.; Fenyo, D.; Ferrarotto, R.; Francis, A.; Gabriel, S.; Garofano, L.; Geffen, Y.; Getz, G.; Goldthwaite, C.A.; Hannick, L.I.; Hariharan, P.; Hayes, D.N.; Heiman, D.; Hindenach, B.; Hoadley, K.A.; Hostetter, G.; Hyrcza, M.; Jewell, S.D.; Jones, C.D.; Kane, M.H.; Karz, A.; Kothadia, R.B.; Krek, A.; Kumar-Sinha, C.; Liu, T.; Liu, H.; Ma, W.; Malc, E.; Malovannaya, A.; Mareedu, S.; Markey, S.P.; Marrero-Oliveras, A.; Maunganidze, N.; McDermott, J.E.; McGarvey, P.B.; McGee, J.; Mieczkowski, P.; Migliozzi, S.; Montgomery, R.; Newton, C.J.; Ozbek, U.; Paulovich, A.G.; Payne, S.H.; Pazardzhikliev, D.D.; Perou, A.M.; Petralia, F.; Petrenko, L.; Piehowski, P.D.; Placantonakis, D.; Polonskaya, L.; Ponomareva, E.V.; Potapova, O.; Qi, L.; Qu, N.; Ramkissoon, S.; Reva, B.; Richey, S.; Robinson, K.; Roche, N.; Rodland, K.; Rohrer, D.C.; Rykunov, D.; Schadt, E.E.; Shi, Y.; Shutack, Y.; Singh, S.; Skelly, T.; Smith, R.; Sokoll, L.J.; Stawicki, J.; Stein, S.E.; Suh, J.; Szopa, W.; Tabor, D.; Tan, D.; Tansil, D.; Teo, G.C.; Thangudu, R.R.; Tognon, C.; Traer, E.; Tsang, S.; Tyner, J.; Um, K.S.; Valley, D.R.; Vasilev, L.V.; Vatanian, N.; Velvulou, U.; Vernon, M.; Westbrook, T.F.; Whiteaker, J.R.; Wu, Y.; Xu, M.; Yao, L.; Yi, X.; Yu, F.; Zaalishvili, K.; Zakhartsev, Y.; Zelt, R.; Zhao, G.; Zhu, J. Proteogenomic insights into the biology and treatment of HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma. Cancer Cell, 2021, 39(3), 361-379.e16.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.ccell.2020.12.007] [PMID: 33417831]

Walter, V.; Yin, X.; Wilkerson, M.D.; Cabanski, C.R.; Zhao, N.; Du, Y.; Ang, M.K.; Hayward, M.C.; Salazar, A.H.; Hoadley, K.A.; Fritchie, K.; Sailey, C.G.; Weissler, M.C.; Shockley, W.W.; Zanation, A.M.; Hackman, T.; Thorne, L.B.; Funkhouser, W.D.; Muldrew, K.L.; Olshan, A.F.; Randell, S.H.; Wright, F.A.; Shores, C.G.; Hayes, D.N. Molecular subtypes in head and neck cancer exhibit distinct patterns of chromosomal gain and loss of canonical cancer genes. PLoS One, 2013, 8(2), e56823.
[http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0056823] [PMID: 23451093]

Chung, C.H.; Parker, J.S.; Karaca, G.; Wu, J.; Funkhouser, W.K.; Moore, D.; Butterfoss, D.; Xiang, D.; Zanation, A.; Yin, X.; Shockley, W.W.; Weissler, M.C.; Dressler, L.G.; Shores, C.G.; Yarbrough, W.G.; Perou, C.M. Molecular classification of head and neck squamous cell carcinomas using patterns of gene expression. Cancer Cell, 2004, 5(5), 489-500.
[http://dx.doi.org/10.1016/S1535-6108(04)00112-6] [PMID: 15144956]

Network, C.G.A. Comprehensive genomic characterization of head and neck squamous cell carcinomas. Nature, 2015, 517(7536), 576-582.
[http://dx.doi.org/10.1038/nature14129] [PMID: 25631445]

Kordbacheh, F.; Farah, C.S. Current and emerging molecular therapies for head and neck squamous cell carcinoma. Cancers, 2021, 13(21), 5471.
[http://dx.doi.org/10.3390/cancers13215471] [PMID: 34771633]

Jie, H.B.; Schuler, P.J.; Lee, S.C.; Srivastava, R.M.; Argiris, A.; Ferrone, S.; Whiteside, T.L.; Ferris, R.L. CTLA-4+ regulatory T cells increased in cetuximab-treated head and neck cancer patients suppress NK cell cytotoxicity and correlate with poor prognosis. Cancer Res., 2015, 75(11), 2200-2210.
[http://dx.doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-14-2788] [PMID: 25832655]

Seiwert, T.Y.; Burtness, B.; Mehra, R.; Weiss, J.; Berger, R.; Eder, J.P.; Heath, K.; McClanahan, T.; Lunceford, J.; Gause, C.; Cheng, J.D.; Chow, L.Q. Safety and clinical activity of pembrolizumab for treatment of recurrent or metastatic squamous cell carcinoma of the head and neck (KEYNOTE-012): An open-label, multicentre, phase 1b trial. Lancet Oncol., 2016, 17(7), 956-965.
[http://dx.doi.org/10.1016/S1470-2045(16)30066-3] [PMID: 27247226]

Chen, S.; Yang, Y.; Wang, R.; Fang, J. Neoadjuvant PD-1/PD-L1 inhibitors combined with chemotherapy had a higher ORR than mono-immunotherapy in untreated HNSCC: Meta-analysis. Oral Oncol., 2023, 145, 106479.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.oraloncology.2023.106479] [PMID: 37478574]

Wang, D.; Chen, H.; Hu, Y. Polarized autologous macrophages (PAM) can be a tumor vaccine. Oncologie, 2022, 24(3), 441-449.
[http://dx.doi.org/10.32604/oncologie.2022.024898]

Zhang, H.; Yan, J.; Ren, X.; Sheng, Y.; Wang, Z.; Liang, J.; Yan, Y.; Jia, Y.; Li, Z.; Hou, J. Nimotuzumab combined with neoadjuvant or induction chemotherapy for head and neck squamous cell carcinoma: A retrospective study. Oncologie, 2022, 24(4), 707-716.
[http://dx.doi.org/10.32604/oncologie.2022.027023]

Liu, J.; Lichtenberg, T.; Hoadley, K.A.; Poisson, L.M.; Lazar, A.J.; Cherniack, A.D.; Kovatich, A.J.; Benz, C.C.; Levine, D.A.; Lee, A.V.; Omberg, L.; Wolf, D.M.; Shriver, C.D.; Thorsson, V.; Hu, H.; Caesar-Johnson, S.J.; Demchok, J.A.; Felau, I.; Kasapi, M.; Ferguson, M.L.; Hutter, C.M.; Sofia, H.J.; Tarnuzzer, R.; Wang, Z.; Yang, L.; Zenklusen, J.C.; Zhang, J.J.; Chudamani, S.; Liu, J.; Lolla, L.; Naresh, R.; Pihl, T.; Sun, Q.; Wan, Y.; Wu, Y.; Cho, J.; DeFreitas, T.; Frazer, S.; Gehlenborg, N.; Getz, G.; Heiman, D.I.; Kim, J.; Lawrence, M.S.; Lin, P.; Meier, S.; Noble, M.S.; Saksena, G.; Voet, D.; Zhang, H.; Bernard, B.; Chambwe, N.; Dhankani, V.; Knijnenburg, T.; Kramer, R.; Leinonen, K.; Liu, Y.; Miller, M.; Reynolds, S.; Shmulevich, I.; Thorsson, V.; Zhang, W.; Akbani, R.; Broom, B.M.; Hegde, A.M.; Ju, Z.; Kanchi, R.S.; Korkut, A.; Li, J.; Liang, H.; Ling, S.; Liu, W.; Lu, Y.; Mills, G.B.; Ng, K-S.; Rao, A.; Ryan, M.; Wang, J.; Weinstein, J.N.; Zhang, J.; Abeshouse, A.; Armenia, J.; Chakravarty, D.; Chatila, W.K.; de Bruijn, I.; Gao, J.; Gross, B.E.; Heins, Z.J.; Kundra, R.; La, K.; Ladanyi, M.; Luna, A.; Nissan, M.G.; Ochoa, A.; Phillips, S.M.; Reznik, E.; Sanchez-Vega, F.; Sander, C.; Schultz, N.; Sheridan, R.; Sumer, S.O.; Sun, Y.; Taylor, B.S.; Wang, J.; Zhang, H.; Anur, P.; Peto, M.; Spellman, P.; Benz, C.; Stuart, J.M.; Wong, C.K.; Yau, C.; Hayes, D.N.; Parker, J.S.; Wilkerson, M.D.; Ally, A.; Balasundaram, M.; Bowlby, R.; Brooks, D.; Carlsen, R.; Chuah, E.; Dhalla, N.; Holt, R.; Jones, S.J.M.; Kasaian, K.; Lee, D.; Ma, Y.; Marra, M.A.; Mayo, M.; Moore, R.A.; Mungall, A.J.; Mungall, K.; Robertson, A.G.; Sadeghi, S.; Schein, J.E.; Sipahimalani, P.; Tam, A.; Thiessen, N.; Tse, K.; Wong, T.; Berger, A.C.; Beroukhim, R.; Cherniack, A.D.; Cibulskis, C.; Gabriel, S.B.; Gao, G.F.; Ha, G.; Meyerson, M.; Schumacher, S.E.; Shih, J.; Kucherlapati, M.H.; Kucherlapati, R.S.; Baylin, S.; Cope, L.; Danilova, L.; Bootwalla, M.S.; Lai, P.H.; Maglinte, D.T.; Van Den Berg, D.J.; Weisenberger, D.J.; Auman, J.T.; Balu, S.; Bodenheimer, T.; Fan, C.; Hoadley, K.A.; Hoyle, A.P.; Jefferys, S.R.; Jones, C.D.; Meng, S.; Mieczkowski, P.A.; Mose, L.E.; Perou, A.H.; Perou, C.M.; Roach, J.; Shi, Y.; Simons, J.V.; Skelly, T.; Soloway, M.G.; Tan, D.; Veluvolu, U.; Fan, H.; Hinoue, T.; Laird, P.W.; Shen, H.; Zhou, W.; Bellair, M.; Chang, K.; Covington, K.; Creighton, C.J.; Dinh, H.; Doddapaneni, H.V.; Donehower, L.A.; Drummond, J.; Gibbs, R.A.; Glenn, R.; Hale, W.; Han, Y.; Hu, J.; Korchina, V.; Lee, S.; Lewis, L.; Li, W.; Liu, X.; Morgan, M.; Morton, D.; Muzny, D.; Santibanez, J.; Sheth, M.; Shinbro, E.; Wang, L.; Wang, M.; Wheeler, D.A.; Xi, L.; Zhao, F.; Hess, J.; Appelbaum, E.L.; Bailey, M.; Cordes, M.G.; Ding, L.; Fronick, C.C.; Fulton, L.A.; Fulton, R.S.; Kandoth, C.; Mardis, E.R.; McLellan, M.D.; Miller, C.A.; Schmidt, H.K.; Wilson, R.K.; Crain, D.; Curley, E.; Gardner, J.; Lau, K.; Mallery, D.; Morris, S.; Paulauskis, J.; Penny, R.; Shelton, C.; Shelton, T.; Sherman, M.; Thompson, E.; Yena, P.; Bowen, J.; Gastier-Foster, J.M.; Gerken, M.; Leraas, K.M.; Lichtenberg, T.M.; Ramirez, N.C.; Wise, L.; Zmuda, E.; Corcoran, N.; Costello, T.; Hovens, C.; Carvalho, A.L.; de Carvalho, A.C.; Fregnani, J.H.; Longatto-Filho, A.; Reis, R.M.; Scapulatempo-Neto, C.; Silveira, H.C.S.; Vidal, D.O.; Burnette, A.; Eschbacher, J.; Hermes, B.; Noss, A.; Singh, R.; Anderson, M.L.; Castro, P.D.; Ittmann, M.; Huntsman, D.; Kohl, B.; Le, X.; Thorp, R.; Andry, C.; Duffy, E.R.; Lyadov, V.; Paklina, O.; Setdikova, G.; Shabunin, A.; Tavobilov, M.; McPherson, C.; Warnick, R.; Berkowitz, R.; Cramer, D.; Feltmate, C.; Horowitz, N.; Kibel, A.; Muto, M.; Raut, C.P.; Malykh, A.; Barnholtz-Sloan, J.S.; Barrett, W.; Devine, K.; Fulop, J.; Ostrom, Q.T.; Shimmel, K.; Wolinsky, Y.; Sloan, A.E.; De Rose, A.; Giuliante, F.; Goodman, M.; Karlan, B.Y.; Hagedorn, C.H.; Eckman, J.; Harr, J.; Myers, J.; Tucker, K.; Zach, L.A.; Deyarmin, B.; Hu, H.; Kvecher, L.; Larson, C.; Mural, R.J.; Somiari, S.; Vicha, A.; Zelinka, T.; Bennett, J.; Iacocca, M.; Rabeno, B.; Swanson, P.; Latour, M.; Lacombe, L.; Têtu, B.; Bergeron, A.; McGraw, M.; Staugaitis, S.M.; Chabot, J.; Hibshoosh, H.; Sepulveda, A.; Su, T.; Wang, T.; Potapova, O.; Voronina, O.; Desjardins, L.; Mariani, O.; Roman-Roman, S.; Sastre, X.; Stern, M-H.; Cheng, F.; Signoretti, S.; Berchuck, A.; Bigner, D.; Lipp, E.; Marks, J.; McCall, S.; McLendon, R.; Secord, A.; Sharp, A.; Behera, M.; Brat, D.J.; Chen, A.; Delman, K.; Force, S.; Khuri, F.; Magliocca, K.; Maithel, S.; Olson, J.J.; Owonikoko, T.; Pickens, A.; Ramalingam, S.; Shin, D.M.; Sica, G.; Van Meir, E.G.; Zhang, H.; Eijckenboom, W.; Gillis, A.; Korpershoek, E.; Looijenga, L.; Oosterhuis, W.; Stoop, H.; van Kessel, K.E.; Zwarthoff, E.C.; Calatozzolo, C.; Cuppini, L.; Cuzzubbo, S.; DiMeco, F.; Finocchiaro, G.; Mattei, L.; Perin, A.; Pollo, B.; Chen, C.; Houck, J.; Lohavanichbutr, P.; Hartmann, A.; Stoehr, C.; Stoehr, R.; Taubert, H.; Wach, S.; Wullich, B.; Kycler, W.; Murawa, D.; Wiznerowicz, M.; Chung, K.; Edenfield, W.J.; Martin, J.; Baudin, E.; Bubley, G.; Bueno, R.; De Rienzo, A.; Richards, W.G.; Kalkanis, S.; Mikkelsen, T.; Noushmehr, H.; Scarpace, L.; Girard, N.; Aymerich, M.; Campo, E.; Giné, E.; Guillermo, A.L.; Van Bang, N.; Hanh, P.T.; Phu, B.D.; Tang, Y.; Colman, H.; Evason, K.; Dottino, P.R.; Martignetti, J.A.; Gabra, H.; Juhl, H.; Akeredolu, T.; Stepa, S.; Hoon, D.; Ahn, K.; Kang, K.J.; Beuschlein, F.; Breggia, A.; Birrer, M.; Bell, D.; Borad, M.; Bryce, A.H.; Castle, E.; Chandan, V.; Cheville, J.; Copland, J.A.; Farnell, M.; Flotte, T.; Giama, N.; Ho, T.; Kendrick, M.; Kocher, J-P.; Kopp, K.; Moser, C.; Nagorney, D.; O’Brien, D.; O’Neill, B.P.; Patel, T.; Petersen, G.; Que, F.; Rivera, M.; Roberts, L.; Smallridge, R.; Smyrk, T.; Stanton, M.; Thompson, R.H.; Torbenson, M.; Yang, J.D.; Zhang, L.; Brimo, F.; Ajani, J.A.; Angulo Gonzalez, A.M.; Behrens, C.; Bondaruk, J.; Broaddus, R.; Czerniak, B.; Esmaeli, B.; Fujimoto, J.; Gershenwald, J.; Guo, C.; Lazar, A.J.; Logothetis, C.; Meric-Bernstam, F.; Moran, C.; Ramondetta, L.; Rice, D.; Sood, A.; Tamboli, P.; Thompson, T.; Troncoso, P.; Tsao, A.; Wistuba, I.; Carter, C.; Haydu, L.; Hersey, P.; Jakrot, V.; Kakavand, H.; Kefford, R.; Lee, K.; Long, G.; Mann, G.; Quinn, M.; Saw, R.; Scolyer, R.; Shannon, K.; Spillane, A.; Stretch, J.; Synott, M.; Thompson, J.; Wilmott, J.; Al-Ahmadie, H.; Chan, T.A.; Ghossein, R.; Gopalan, A.; Levine, D.A.; Reuter, V.; Singer, S.; Singh, B.; Tien, N.V.; Broudy, T.; Mirsaidi, C.; Nair, P.; Drwiega, P.; Miller, J.; Smith, J.; Zaren, H.; Park, J-W.; Hung, N.P.; Kebebew, E.; Linehan, W.M.; Metwalli, A.R.; Pacak, K.; Pinto, P.A.; Schiffman, M.; Schmidt, L.S.; Vocke, C.D.; Wentzensen, N.; Worrell, R.; Yang, H.; Moncrieff, M.; Goparaju, C.; Melamed, J.; Pass, H.; Botnariuc, N.; Caraman, I.; Cernat, M.; Chemencedji, I.; Clipca, A.; Doruc, S.; Gorincioi, G.; Mura, S.; Pirtac, M.; Stancul, I.; Tcaciuc, D.; Albert, M.; Alexopoulou, I.; Arnaout, A.; Bartlett, J.; Engel, J.; Gilbert, S.; Parfitt, J.; Sekhon, H.; Thomas, G.; Rassl, D.M.; Rintoul, R.C.; Bifulco, C.; Tamakawa, R.; Urba, W.; Hayward, N.; Timmers, H.; Antenucci, A.; Facciolo, F.; Grazi, G.; Marino, M.; Merola, R.; de Krijger, R.; Gimenez-Roqueplo, A-P.; Piché, A.; Chevalier, S.; McKercher, G.; Birsoy, K.; Barnett, G.; Brewer, C.; Farver, C.; Naska, T.; Pennell, N.A.; Raymond, D.; Schilero, C.; Smolenski, K.; Williams, F.; Morrison, C.; Borgia, J.A.; Liptay, M.J.; Pool, M.; Seder, C.W.; Junker, K.; Omberg, L.; Dinkin, M.; Manikhas, G.; Alvaro, D.; Bragazzi, M.C.; Cardinale, V.; Carpino, G.; Gaudio, E.; Chesla, D.; Cottingham, S.; Dubina, M.; Moiseenko, F.; Dhanasekaran, R.; Becker, K-F.; Janssen, K-P.; Slotta-Huspenina, J.; Abdel-Rahman, M.H.; Aziz, D.; Bell, S.; Cebulla, C.M.; Davis, A.; Duell, R.; Elder, J.B.; Hilty, J.; Kumar, B.; Lang, J.; Lehman, N.L.; Mandt, R.; Nguyen, P.; Pilarski, R.; Rai, K.; Schoenfield, L.; Senecal, K.; Wakely, P.; Hansen, P.; Lechan, R.; Powers, J.; Tischler, A.; Grizzle, W.E.; Sexton, K.C.; Kastl, A.; Henderson, J.; Porten, S.; Waldmann, J.; Fassnacht, M.; Asa, S.L.; Schadendorf, D.; Couce, M.; Graefen, M.; Huland, H.; Sauter, G.; Schlomm, T.; Simon, R.; Tennstedt, P.; Olabode, O.; Nelson, M.; Bathe, O.; Carroll, P.R.; Chan, J.M.; Disaia, P.; Glenn, P.; Kelley, R.K.; Landen, C.N.; Phillips, J.; Prados, M.; Simko, J.; Smith-McCune, K.; VandenBerg, S.; Roggin, K.; Fehrenbach, A.; Kendler, A.; Sifri, S.; Steele, R.; Jimeno, A.; Carey, F.; Forgie, I.; Mannelli, M.; Carney, M.; Hernandez, B.; Campos, B.; Herold-Mende, C.; Jungk, C.; Unterberg, A.; von Deimling, A.; Bossler, A.; Galbraith, J.; Jacobus, L.; Knudson, M.; Knutson, T.; Ma, D.; Milhem, M.; Sigmund, R.; Godwin, A.K.; Madan, R.; Rosenthal, H.G.; Adebamowo, C.; Adebamowo, S.N.; Boussioutas, A.; Beer, D.; Giordano, T.; Mes-Masson, A-M.; Saad, F.; Bocklage, T.; Landrum, L.; Mannel, R.; Moore, K.; Moxley, K.; Postier, R.; Walker, J.; Zuna, R.; Feldman, M.; Valdivieso, F.; Dhir, R.; Luketich, J.; Mora Pinero, E.M.; Quintero-Aguilo, M.; Carlotti, C.G., Jr; Dos Santos, J.S.; Kemp, R.; Sankarankuty, A.; Tirapelli, D.; Catto, J.; Agnew, K.; Swisher, E.; Creaney, J.; Robinson, B.; Shelley, C.S.; Godwin, E.M.; Kendall, S.; Shipman, C.; Bradford, C.; Carey, T.; Haddad, A.; Moyer, J.; Peterson, L.; Prince, M.; Rozek, L.; Wolf, G.; Bowman, R.; Fong, K.M.; Yang, I.; Korst, R.; Rathmell, W.K.; Fantacone-Campbell, J.L.; Hooke, J.A.; Kovatich, A.J.; Shriver, C.D.; DiPersio, J.; Drake, B.; Govindan, R.; Heath, S.; Ley, T.; Van Tine, B.; Westervelt, P.; Rubin, M.A.; Lee, J.I.; Aredes, N.D.; Mariamidze, A. An integrated TCGA pan-cancer clinical data resource to drive high-quality survival outcome analytics. Cell, 2018, 173(2), 400-416.e11.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2018.02.052] [PMID: 29625055]

Tsherniak, A.; Vazquez, F.; Montgomery, P.G.; Weir, B.A.; Kryukov, G.; Cowley, G.S.; Gill, S.; Harrington, W.F.; Pantel, S.; Krill-Burger, J.M.; Meyers, R.M.; Ali, L.; Goodale, A.; Lee, Y.; Jiang, G.; Hsiao, J.; Gerath, W.F.J.; Howell, S.; Merkel, E.; Ghandi, M.; Garraway, L.A.; Root, D.E.; Golub, T.R.; Boehm, J.S.; Hahn, W.C. Defining a cancer dependency map. Cell, 2017, 170(3), 564-576.e16.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2017.06.010] [PMID: 28753430]

Li, J.; Akbani, R.; Zhao, W.; Lu, Y.; Weinstein, J.N.; Mills, G.B.; Liang, H. Explore, visualize, and analyze functional cancer proteomic data using the cancer proteome atlas. Cancer Res., 2017, 77(21), e51-e54.
[http://dx.doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-17-0369] [PMID: 29092939]

Tan, V.Y.F.; Févotte, C. Automatic relevance determination in nonnegative matrix factorization with the β-divergence. IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell., 2013, 35(7), 1592-1605.
[http://dx.doi.org/10.1109/TPAMI.2012.240] [PMID: 23681989]

Roh, W.; Geffen, Y.; Cha, H.; Miller, M.; Anand, S.; Kim, J.; Heiman, D.I.; Gainor, J.F.; Laird, P.W.; Cherniack, A.D.; Ock, C.Y.; Lee, S.H.; Getz, G. High-resolution profiling of lung adenocarcinoma identifies expression subtypes with specific biomarkers and clinically relevant vulnerabilities. Cancer Res., 2022, 82(21), 3917-3931.
[http://dx.doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-22-0432] [PMID: 36040373]

Kim, J.; Kwiatkowski, D.; McConkey, D.J.; Meeks, J.J.; Freeman, S.S.; Bellmunt, J.; Getz, G.; Lerner, S.P. The cancer genome atlas expression subtypes stratify response to checkpoint inhibition in advanced urothelial cancer and identify a subset of patients with high survival probability. Eur. Urol., 2019, 75(6), 961-964.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.eururo.2019.02.017] [PMID: 30851984]

Hänzelmann, S.; Castelo, R.; Guinney, J. GSVA: Gene set variation analysis for microarray and RNA-Seq data. BMC Bioinformatics, 2013, 14(1), 7.
[http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-14-7] [PMID: 23323831]

Taylor-Weiner, A.; Aguet, F.; Haradhvala, N.J.; Gosai, S.; Anand, S.; Kim, J.; Ardlie, K.; Van Allen, E.M.; Getz, G. Scaling computational genomics to millions of individuals with GPUs. Genome Biol., 2019, 20(1), 228.
[http://dx.doi.org/10.1186/s13059-019-1836-7] [PMID: 31675989]

Farhangdoost, N.; Horth, C.; Hu, B.; Bareke, E.; Chen, X.; Li, Y.; Coradin, M.; Garcia, B.A.; Lu, C.; Majewski, J. Chromatin dysregulation associated with NSD1 mutation in head and neck squamous cell carcinoma. Cell Rep., 2021, 34(8), 108769.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2021.108769] [PMID: 33626351]

Thorsson, V.; Gibbs, D.L.; Brown, S.D.; Wolf, D.; Bortone, D.S.; Ou Yang, T.H.; Porta-Pardo, E.; Gao, G.F.; Plaisier, C.L.; Eddy, J.A.; Ziv, E.; Culhane, A.C.; Paull, E.O.; Sivakumar, I.K.A.; Gentles, A.J.; Malhotra, R.; Farshidfar, F.; Colaprico, A.; Parker, J.S.; Mose, L.E.; Vo, N.S.; Liu, J.; Liu, Y.; Rader, J.; Dhankani, V.; Reynolds, S.M.; Bowlby, R.; Califano, A.; Cherniack, A.D.; Anastassiou, D.; Bedognetti, D.; Mokrab, Y.; Newman, A.M.; Rao, A.; Chen, K.; Krasnitz, A.; Hu, H.; Malta, T.M.; Noushmehr, H.; Pedamallu, C.S.; Bullman, S.; Ojesina, A.I.; Lamb, A.; Zhou, W.; Shen, H.; Choueiri, T.K.; Weinstein, J.N.; Guinney, J.; Saltz, J.; Holt, R.A.; Rabkin, C.S.; Lazar, A.J.; Serody, J.S.; Demicco, E.G.; Disis, M.L.; Vincent, B.G.; Shmulevich, I.; Caesar-Johnson, S.J.; Demchok, J.A.; Felau, I.; Kasapi, M.; Ferguson, M.L.; Hutter, C.M.; Sofia, H.J.; Tarnuzzer, R.; Wang, Z.; Yang, L.; Zenklusen, J.C.; Zhang, J.J.; Chudamani, S.; Liu, J.; Lolla, L.; Naresh, R.; Pihl, T.; Sun, Q.; Wan, Y.; Wu, Y.; Cho, J.; DeFreitas, T.; Frazer, S.; Gehlenborg, N.; Getz, G.; Heiman, D.I.; Kim, J.; Lawrence, M.S.; Lin, P.; Meier, S.; Noble, M.S.; Saksena, G.; Voet, D.; Zhang, H.; Bernard, B.; Chambwe, N.; Dhankani, V.; Knijnenburg, T.; Kramer, R.; Leinonen, K.; Liu, Y.; Miller, M.; Reynolds, S.; Shmulevich, I.; Thorsson, V.; Zhang, W.; Akbani, R.; Broom, B.M.; Hegde, A.M.; Ju, Z.; Kanchi, R.S.; Korkut, A.; Li, J.; Liang, H.; Ling, S.; Liu, W.; Lu, Y.; Mills, G.B.; Ng, K-S.; Rao, A.; Ryan, M.; Wang, J.; Weinstein, J.N.; Zhang, J.; Abeshouse, A.; Armenia, J.; Chakravarty, D.; Chatila, W.K.; de Bruijn, I.; Gao, J.; Gross, B.E.; Heins, Z.J.; Kundra, R.; La, K.; Ladanyi, M.; Luna, A.; Nissan, M.G.; Ochoa, A.; Phillips, S.M.; Reznik, E.; Sanchez-Vega, F.; Sander, C.; Schultz, N.; Sheridan, R.; Sumer, S.O.; Sun, Y.; Taylor, B.S.; Wang, J.; Zhang, H.; Anur, P.; Peto, M.; Spellman, P.; Benz, C.; Stuart, J.M.; Wong, C.K.; Yau, C.; Hayes, D.N.; Parker, J.S.; Wilkerson, M.D.; Ally, A.; Balasundaram, M.; Bowlby, R.; Brooks, D.; Carlsen, R.; Chuah, E.; Dhalla, N.; Holt, R.; Jones, S.J.M.; Kasaian, K.; Lee, D.; Ma, Y.; Marra, M.A.; Mayo, M.; Moore, R.A.; Mungall, A.J.; Mungall, K.; Robertson, A.G.; Sadeghi, S.; Schein, J.E.; Sipahimalani, P.; Tam, A.; Thiessen, N.; Tse, K.; Wong, T.; Berger, A.C.; Beroukhim, R.; Cherniack, A.D.; Cibulskis, C.; Gabriel, S.B.; Gao, G.F.; Ha, G.; Meyerson, M.; Schumacher, S.E.; Shih, J.; Kucherlapati, M.H.; Kucherlapati, R.S.; Baylin, S.; Cope, L.; Danilova, L.; Bootwalla, M.S.; Lai, P.H.; Maglinte, D.T.; Van Den Berg, D.J.; Weisenberger, D.J.; Auman, J.T.; Balu, S.; Bodenheimer, T.; Fan, C.; Hoadley, K.A.; Hoyle, A.P.; Jefferys, S.R.; Jones, C.D.; Meng, S.; Mieczkowski, P.A.; Mose, L.E.; Perou, A.H.; Perou, C.M.; Roach, J.; Shi, Y.; Simons, J.V.; Skelly, T.; Soloway, M.G.; Tan, D.; Veluvolu, U.; Fan, H.; Hinoue, T.; Laird, P.W.; Shen, H.; Zhou, W.; Bellair, M.; Chang, K.; Covington, K.; Creighton, C.J.; Dinh, H.; Doddapaneni, H.V.; Donehower, L.A.; Drummond, J.; Gibbs, R.A.; Glenn, R.; Hale, W.; Han, Y.; Hu, J.; Korchina, V.; Lee, S.; Lewis, L.; Li, W.; Liu, X.; Morgan, M.; Morton, D.; Muzny, D.; Santibanez, J.; Sheth, M.; Shinbrot, E.; Wang, L.; Wang, M.; Wheeler, D.A.; Xi, L.; Zhao, F.; Hess, J.; Appelbaum, E.L.; Bailey, M.; Cordes, M.G.; Ding, L.; Fronick, C.C.; Fulton, L.A.; Fulton, R.S.; Kandoth, C.; Mardis, E.R.; McLellan, M.D.; Miller, C.A.; Schmidt, H.K.; Wilson, R.K.; Crain, D.; Curley, E.; Gardner, J.; Lau, K.; Mallery, D.; Morris, S.; Paulauskis, J.; Penny, R.; Shelton, C.; Shelton, T.; Sherman, M.; Thompson, E.; Yena, P.; Bowen, J.; Gastier-Foster, J.M.; Gerken, M.; Leraas, K.M.; Lichtenberg, T.M.; Ramirez, N.C.; Wise, L.; Zmuda, E.; Corcoran, N.; Costello, T.; Hovens, C.; Carvalho, A.L.; de Carvalho, A.C.; Fregnani, J.H.; Longatto-Filho, A.; Reis, R.M.; Scapulatempo-Neto, C.; Silveira, H.C.S.; Vidal, D.O.; Burnette, A.; Eschbacher, J.; Hermes, B.; Noss, A.; Singh, R.; Anderson, M.L.; Castro, P.D.; Ittmann, M.; Huntsman, D.; Kohl, B.; Le, X.; Thorp, R.; Andry, C.; Duffy, E.R.; Lyadov, V.; Paklina, O.; Setdikova, G.; Shabunin, A.; Tavobilov, M.; McPherson, C.; Warnick, R.; Berkowitz, R.; Cramer, D.; Feltmate, C.; Horowitz, N.; Kibel, A.; Muto, M.; Raut, C.P.; Malykh, A.; Barnholtz-Sloan, J.S.; Barrett, W.; Devine, K.; Fulop, J.; Ostrom, Q.T.; Shimmel, K.; Wolinsky, Y.; Sloan, A.E.; De Rose, A.; Giuliante, F.; Goodman, M.; Karlan, B.Y.; Hagedorn, C.H.; Eckman, J.; Harr, J.; Myers, J.; Tucker, K.; Zach, L.A.; Deyarmin, B.; Hu, H.; Kvecher, L.; Larson, C.; Mural, R.J.; Somiari, S.; Vicha, A.; Zelinka, T.; Bennett, J.; Iacocca, M.; Rabeno, B.; Swanson, P.; Latour, M.; Lacombe, L.; Têtu, B.; Bergeron, A.; McGraw, M.; Staugaitis, S.M.; Chabot, J.; Hibshoosh, H.; Sepulveda, A.; Su, T.; Wang, T.; Potapova, O.; Voronina, O.; Desjardins, L.; Mariani, O.; Roman-Roman, S.; Sastre, X.; Stern, M-H.; Cheng, F.; Signoretti, S.; Berchuck, A.; Bigner, D.; Lipp, E.; Marks, J.; McCall, S.; McLendon, R.; Secord, A.; Sharp, A.; Behera, M.; Brat, D.J.; Chen, A.; Delman, K.; Force, S.; Khuri, F.; Magliocca, K.; Maithel, S.; Olson, J.J.; Owonikoko, T.; Pickens, A.; Ramalingam, S.; Shin, D.M.; Sica, G.; Van Meir, E.G.; Zhang, H.; Eijckenboom, W.; Gillis, A.; Korpershoek, E.; Looijenga, L.; Oosterhuis, W.; Stoop, H.; van Kessel, K.E.; Zwarthoff, E.C.; Calatozzolo, C.; Cuppini, L.; Cuzzubbo, S.; DiMeco, F.; Finocchiaro, G.; Mattei, L.; Perin, A.; Pollo, B.; Chen, C.; Houck, J.; Lohavanichbutr, P.; Hartmann, A.; Stoehr, C.; Stoehr, R.; Taubert, H.; Wach, S.; Wullich, B.; Kycler, W.; Murawa, D.; Wiznerowicz, M.; Chung, K.; Edenfield, W.J.; Martin, J.; Baudin, E.; Bubley, G.; Bueno, R.; De Rienzo, A.; Richards, W.G.; Kalkanis, S.; Mikkelsen, T.; Noushmehr, H.; Scarpace, L.; Girard, N.; Aymerich, M.; Campo, E.; Giné, E.; Guillermo, A.L.; Van Bang, N.; Hanh, P.T.; Phu, B.D.; Tang, Y.; Colman, H.; Evason, K.; Dottino, P.R.; Martignetti, J.A.; Gabra, H.; Juhl, H.; Akeredolu, T.; Stepa, S.; Hoon, D.; Ahn, K.; Kang, K.J.; Beuschlein, F.; Breggia, A.; Birrer, M.; Bell, D.; Borad, M.; Bryce, A.H.; Castle, E.; Chandan, V.; Cheville, J.; Copland, J.A.; Farnell, M.; Flotte, T.; Giama, N.; Ho, T.; Kendrick, M.; Kocher, J-P.; Kopp, K.; Moser, C.; Nagorney, D.; O’Brien, D.; O’Neill, B.P.; Patel, T.; Petersen, G.; Que, F.; Rivera, M.; Roberts, L.; Smallridge, R.; Smyrk, T.; Stanton, M.; Thompson, R.H.; Torbenson, M.; Yang, J.D.; Zhang, L.; Brimo, F.; Ajani, J.A.; Gonzalez, A.M.A.; Behrens, C.; Bondaruk, J.; Broaddus, R.; Czerniak, B.; Esmaeli, B.; Fujimoto, J.; Gershenwald, J.; Guo, C.; Lazar, A.J.; Logothetis, C.; Meric-Bernstam, F.; Moran, C.; Ramondetta, L.; Rice, D.; Sood, A.; Tamboli, P.; Thompson, T.; Troncoso, P.; Tsao, A.; Wistuba, I.; Carter, C.; Haydu, L.; Hersey, P.; Jakrot, V.; Kakavand, H.; Kefford, R.; Lee, K.; Long, G.; Mann, G.; Quinn, M.; Saw, R.; Scolyer, R.; Shannon, K.; Spillane, A.; Stretch; Synott, M.; Thompson, J.; Wilmott, J.; Al-Ahmadie, H.; Chan, T.A.; Ghossein, R.; Gopalan, A.; Levine, D.A.; Reuter, V.; Singer, S.; Singh, B.; Tien, N.V.; Broudy, T.; Mirsaidi, C.; Nair, P.; Drwiega, P.; Miller, J.; Smith, J.; Zaren, H.; Park, J-W.; Hung, N.P.; Kebebew, E.; Linehan, W.M.; Metwalli, A.R.; Pacak, K.; Pinto, P.A.; Schiffman, M.; Schmidt, L.S.; Vocke, C.D.; Wentzensen, N.; Worrell, R.; Yang, H.; Moncrieff, M.; Goparaju, C.; Melamed, J.; Pass, H.; Botnariuc, N.; Caraman, I.; Cernat, M.; Chemencedji, I.; Clipca, A.; Doruc, S.; Gorincioi, G.; Mura, S.; Pirtac, M.; Stancul, I.; Tcaciuc, D.; Albert, M.; Alexopoulou, I.; Arnaout, A.; Bartlett, J.; Engel, J.; Gilbert, S.; Parfitt, J.; Sekhon, H.; Thomas, G.; Rassl, D.M.; Rintoul, R.C.; Bifulco, C.; Tamakawa, R.; Urba, W.; Hayward, N.; Timmers, H.; Antenucci, A.; Facciolo, F.; Grazi, G.; Marino, M.; Merola, R.; de Krijger, R.; Gimenez-Roqueplo, A-P.; Piché, A.; Chevalier, S.; McKercher, G.; Birsoy, K.; Barnett, G.; Brewer, C.; Farver, C.; Naska, T.; Pennell, N.A.; Raymond, D.; Schilero, C.; Smolenski, K.; Williams, F.; Morrison, C.; Borgia, J.A.; Liptay, M.J.; Pool, M.; Seder, C.W.; Junker, K.; Omberg, L.; Dinkin, M.; Manikhas, G.; Alvaro, D.; Bragazzi, M.C.; Cardinale, V.; Carpino, G.; Gaudio, E.; Chesla, D.; Cottingham, S.; Dubina, M.; Moiseenko, F.; Dhanasekaran, R.; Becker, K-F.; Janssen, K-P.; Slotta-Huspenina, J.; Abdel-Rahman, M.H.; Aziz, D.; Bell, S.; Cebulla, C.M.; Davis, A.; Duell, R.; Elder, J.B.; Hilty, J.; Kumar, B.; Lang, J.; Lehman, N.L.; Mandt, R.; Nguyen, P.; Pilarski, R.; Rai, K.; Schoenfield, L.; Senecal, K.; Wakely, P.; Hansen, P.; Lechan, R.; Powers, J.; Tischler, A.; Grizzle, W.E.; Sexton, K.C.; Kastl, A.; Henderson, J.; Porten, S.; Waldmann, J.; Fassnacht, M.; Asa, S.L.; Schadendorf, D.; Couce, M.; Graefen, M.; Huland, H.; Sauter, G.; Schlomm, T.; Simon, R.; Tennstedt, P.; Olabode, O.; Nelson, M.; Bathe, O.; Carroll, P.R.; Chan, J.M.; Disaia, P.; Glenn, P.; Kelley, R.K.; Landen, C.N.; Phillips, J.; Prados, M.; Simko, J.; Smith-McCune, K.; VandenBerg, S.; Roggin, K.; Fehrenbach, A.; Kendler, A.; Sifri, S.; Steele, R.; Jimeno, A.; Carey, F.; Forgie, I.; Mannelli, M.; Carney, M.; Hernandez, B.; Campos, B.; Herold-Mende, C.; Jungk, C.; Unterberg, A.; von Deimling, A.; Bossler, A.; Galbraith, J.; Jacobus, L.; Knudson, M.; Knutson, T.; Ma, D.; Milhem, M.; Sigmund, R.; Godwin, A.K.; Madan, R.; Rosenthal, H.G.; Adebamowo, C.; Adebamowo, S.N.; Boussioutas, A.; Beer, D.; Giordano, T.; Mes-Masson, A-M.; Saad, F.; Bocklage, T.; Landrum, L.; Mannel, R.; Moore, K.; Moxley, K.; Postier, R.; Walker, J.; Zuna, R.; Feldman, M.; Valdivieso, F.; Dhir, R.; Luketich, J.; Pinero, E.M.M.; Quintero-Aguilo, M.; Carlotti, C.G., Jr; Dos Santos, J.S.; Kemp, R.; Sankarankuty, A.; Tirapelli, D.; Catto, J.; Agnew, K.; Swisher, E.; Creaney, J.; Robinson, B.; Shelley, C.S.; Godwin, E.M.; Kendall, S.; Shipman, C.; Bradford, C.; Carey, T.; Haddad, A.; Moyer, J.; Peterson, L.; Prince, M.; Rozek, L.; Wolf, G.; Bowman, R.; Fong, K.M.; Yang, I.; Korst, R.; Rathmell, W.K.; Fantacone-Campbell, J.L.; Hooke, J.A.; Kovatich, A.J.; Shriver, C.D.; DiPersio, J.; Drake, B.; Govindan, R.; Heath, S.; Ley, T.; Van Tine, B.; Westervelt, P.; Rubin, M.A.; Lee, J.I.; Aredes, N.D.; Mariamidze, A. The immune landscape of cancer. Immunity, 2018, 48(4), 812-830.e14.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.immuni.2018.03.023] [PMID: 29628290]

Jiang, P.; Gu, S.; Pan, D.; Fu, J.; Sahu, A.; Hu, X.; Li, Z.; Traugh, N.; Bu, X.; Li, B.; Liu, J.; Freeman, G.J.; Brown, M.A.; Wucherpfennig, K.W.; Liu, X.S. Signatures of T cell dysfunction and exclusion predict cancer immunotherapy response. Nat. Med., 2018, 24(10), 1550-1558.
[http://dx.doi.org/10.1038/s41591-018-0136-1] [PMID: 30127393]

Zhou, Z.; Tang, J.; Lu, Y.; Jia, J.; Luo, T.; Su, K.; Dai, X.; Zhang, H.; Liu, O. Prognosis-related molecular subtyping in head and neck squamous cell carcinoma patients based on glycolytic/cholesterogenic gene data. Cancer Cell Int., 2023, 23(1), 37.
[http://dx.doi.org/10.1186/s12935-023-02880-3] [PMID: 36841765]

Shi, C.; Liu, S.; Tian, X.; Wang, X.; Gao, P. A TP53 mutation model for the prediction of prognosis and therapeutic responses in head and neck squamous cell carcinoma. BMC Cancer, 2021, 21(1), 1035.
[http://dx.doi.org/10.1186/s12885-021-08765-w] [PMID: 34530752]

Stransky, N.; Egloff, A.M.; Tward, A.D.; Kostic, A.D.; Cibulskis, K.; Sivachenko, A.; Kryukov, G.V.; Lawrence, M.S.; Sougnez, C.; McKenna, A.; Shefler, E.; Ramos, A.H.; Stojanov, P.; Carter, S.L.; Voet, D.; Cortés, M.L.; Auclair, D.; Berger, M.F.; Saksena, G.; Guiducci, C.; Onofrio, R.C.; Parkin, M.; Romkes, M.; Weissfeld, J.L.; Seethala, R.R.; Wang, L.; Rangel-Escareño, C.; Fernandez-Lopez, J.C.; Hidalgo-Miranda, A.; Melendez-Zajgla, J.; Winckler, W.; Ardlie, K.; Gabriel, S.B.; Meyerson, M.; Lander, E.S.; Getz, G.; Golub, T.R.; Garraway, L.A.; Grandis, J.R. The mutational landscape of head and neck squamous cell carcinoma. Science, 2011, 333(6046), 1157-1160.
[http://dx.doi.org/10.1126/science.1208130] [PMID: 21798893]

Hayes, T.F.; Benaich, N.; Goldie, S.J.; Sipilä, K.; Ames-Draycott, A.; Cai, W.; Yin, G.; Watt, F.M. Integrative genomic and functional analysis of human oral squamous cell carcinoma cell lines reveals synergistic effects of FAT1 and CASP8 inactivation. Cancer Lett., 2016, 383(1), 106-114.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.canlet.2016.09.014] [PMID: 27693639]

Ghanekar, Y.; Sadasivam, S. In silico analysis reveals a shared immune signature in CASP8-mutated carcinomas with varying correlations to prognosis. PeerJ, 2019, 7, e6402.
[http://dx.doi.org/10.7717/peerj.6402] [PMID: 30775178]

Liu, X.; Chen, R.; Sun, Y.; Chen, R.; Zhou, J.; Tian, Q.; Tao, X.; Zhang, Z.; Luo, G.; Xie, W. Crystal structure of the yeast heterodimeric ADAT2/3 deaminase. BMC Biol., 2020, 18(1), 189.
[http://dx.doi.org/10.1186/s12915-020-00920-2] [PMID: 33272269]

Gerber, A.P.; Keller, W. An adenosine deaminase that generates inosine at the wobble position of tRNAs. Science, 1999, 286(5442), 1146-1149.
[http://dx.doi.org/10.1126/science.286.5442.1146] [PMID: 10550050]

Torres, A.G.; Piñeyro, D.; Filonava, L.; Stracker, T.H.; Batlle, E.; Ribas de Pouplana, L. A-to-I editing on tRNAs: Biochemical, biological and evolutionary implications. FEBS Lett., 2014, 588(23), 4279-4286.
[http://dx.doi.org/10.1016/j.febslet.2014.09.025] [PMID: 25263703]

Berthel, E.; Vincent, A.; Eberst, L.; Torres, A.G.; Dacheux, E.; Rey, C.; Marcel, V.; Paraqindes, H.; Lachuer, J.; Catez, F.; de Pouplana, L.R.; Treilleux, I.; Diaz, J.J.; Dalla Venezia, N. Uncovering the translational regulatory activity of the tumor suppressor BRCA1. Cells, 2020, 9(4), 941.
[http://dx.doi.org/10.3390/cells9040941] [PMID: 32290274]

Xiao, Y.; Deng, W.W.; Yang, L.L.; Li, H.; Yu, G.T.; Zhang, W.F.; Sun, Z.J. Overexpression of p21-activated kinase 2 is correlated with high-grade oral squamous cell carcinomas. Future Oncol., 2018, 14(11), 1091-1100.
[http://dx.doi.org/10.2217/fon-2017-0643] [PMID: 29714078]

Yong, W.; Zhang, K.; Deng, Y.; Tang, W.; Tao, R. miR-511-5p suppresses cell migration, invasion and epithelial–mesenchymal transition through targeting PAK2 in gastric cancer. Biochem. Genet., 2022, 60(3), 899-913.
[http://dx.doi.org/10.1007/s10528-021-10126-y] [PMID: 34542739]

Gupta, A.; Ajith, A.; Singh, S.; Panday, R.K.; Samaiya, A.; Shukla, S. PAK2–c-Myc–PKM2 axis plays an essential role in head and neck oncogenesis via regulating Warburg effect. Cell Death Dis., 2018, 9(8), 825.
[http://dx.doi.org/10.1038/s41419-018-0887-0] [PMID: 30068946]

Ansell, S.M.; Lesokhin, A.M.; Borrello, I.; Halwani, A.; Scott, E.C.; Gutierrez, M.; Schuster, S.J.; Millenson, M.M.; Cattry, D.; Freeman, G.J.; Rodig, S.J.; Chapuy, B.; Ligon, A.H.; Zhu, L.; Grosso, J.F.; Kim, S.Y.; Timmerman, J.M.; Shipp, M.A.; Armand, P. PD-1 blockade with nivolumab in relapsed or refractory Hodgkin’s lymphoma. N. Engl. J. Med., 2015, 372(4), 311-319.
[http://dx.doi.org/10.1056/NEJMoa1411087] [PMID: 25482239]

Barrett, M.T.; Anderson, K.S.; Lenkiewicz, E.; Andreozzi, M.; Cunliffe, H.E.; Klassen, C.L.; Dueck, A.C.; McCullough, A.E.; Reddy, S.K.; Ramanathan, R.K.; Northfelt, D.W.; Pockaj, B.A. Genomic amplification of 9p24.1 targeting JAK2, PD-L1, and PD-L2 is enriched in high-risk triple negative breast cancer. Oncotarget, 2015, 6(28), 26483-26493.
[http://dx.doi.org/10.18632/oncotarget.4494] [PMID: 26317899]

Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive molecular characterization of gastric adenocarcinoma. Nature, 2014, 513(7517), 202-209.
[http://dx.doi.org/10.1038/nature13480] [PMID: 25079317]

George, J.; Saito, M.; Tsuta, K.; Iwakawa, R.; Shiraishi, K.; Scheel, A.H.; Uchida, S.; Watanabe, S.; Nishikawa, R.; Noguchi, M.; Peifer, M.; Jang, S.J.; Petersen, I.; Büttner, R.; Harris, C.C.; Yokota, J.; Thomas, R.K.; Kohno, T. Genomic amplification of CD274 (PD-L1) in small-cell lung cancer. Clin. Cancer Res., 2017, 23(5), 1220-1226.
[http://dx.doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-16-1069] [PMID: 27620277]

Gröschel, S.; Bommer, M.; Hutter, B.; Budczies, J.; Bonekamp, D.; Heining, C.; Horak, P.; Fröhlich, M.; Uhrig, S.; Hübschmann, D.; Geörg, C.; Richter, D.; Pfarr, N.; Pfütze, K.; Wolf, S.; Schirmacher, P.; Jäger, D.; von Kalle, C.; Brors, B.; Glimm, H.; Weichert, W.; Stenzinger, A.; Fröhling, S. Integration of genomics and histology revises diagnosis and enables effective therapy of refractory cancer of unknown primary with PDL1 amplification. Molecular Case Studies, 2016, 2(6), a001180.
[http://dx.doi.org/10.1101/mcs.a001180] [PMID: 27900363]

Maire, V.; Baldeyron, C.; Richardson, M.; Tesson, B.; Vincent-Salomon, A.; Gravier, E.; Marty-Prouvost, B.; De Koning, L.; Rigaill, G.; Dumont, A.; Gentien, D.; Barillot, E.; Roman-Roman, S.; Depil, S.; Cruzalegui, F.; Pierré, A.; Tucker, G.C.; Dubois, T. TTK/hMPS1 is an attractive therapeutic target for triple-negative breast cancer. PLoS One, 2013, 8(5), e63712.
[http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0063712] [PMID: 23700430]

Budczies, J.; Denkert, C.; Győrffy, B.; Schirmacher, P.; Stenzinger, A. Chromosome 9p copy number gains involving PD-L1 are associated with a specific proliferation and immune-modulating gene expression program active across major cancer types. BMC Med. Genomics, 2017, 10(1), 74.
[http://dx.doi.org/10.1186/s12920-017-0308-8] [PMID: 29212506]

Xia, X.; Wang, X.; Cheng, Z.; Qin, W.; Lei, L.; Jiang, J.; Hu, J. The role of pyroptosis in cancer: Pro-cancer or pro-“host”? Cell Death Dis., 2019, 10(9), 650.
[http://dx.doi.org/10.1038/s41419-019-1883-8] [PMID: 31501419]

Song, C.; Kendi, A.T.; Shim, J.Y.; Jung, D.; Kang, P.S.; Lowe, V.J.; Lee, S. ER–/PR+ breast cancer is controlled more effectively with an inflammatory inhibitor than hormonal inhibitor. Breast Cancer, 2023, 30(3), 436-452.
[http://dx.doi.org/10.1007/s12282-023-01437-6] [PMID: 36859733]

Jee, C.; Lee, H.; Bae, S.; Yang, H.; Lee, Y.; Rho, M.; Kim, W. Loss of caspase-1 gene expression in human gastric carcinomas and cell lines. Int. J. Oncol., 2005, 26(5), 1265-1271.
[http://dx.doi.org/10.3892/ijo.26.5.1265] [PMID: 15809717]