摘要
计算方法已经被证明是一种互补的工具,在确定潜在的候选药物的再利用。然而,尽管迄今开发的方法提供了有趣的机会,并可能有助于解决制药部门面临的问题,但它们也有其局限性。事实上,必须解决从数据访问、标准化和集成到可靠和一致的验证方法的实施等具体挑战,以允许更大规模的系统使用。在这个迷你回顾中,我们涵盖了最近为解决这些挑战而开发的计算工具。这包括特定的数据库,这些数据库提供了对大量经整理的数据的可访问性,并提供了标准化的注释;基于web的工具集成了灵活的用户界面,以执行快速的计算性药物再利用实验;标准化的数据集,专门注释和平衡,以验证新的计算性药物再利用方法。有趣的是,这些新的数据库结合了越来越多的关于药物再利用研究结果的信息,可以用来进行荟萃分析,以确定与成功的药物再利用案例相关的关键属性。这些信息可以进一步用于设计评估方法,以计算再利用可能性的先验评估。
关键词: 药物再利用,基于网络的工具,数据库,计算方法,验证,数据集成。
[http://dx.doi.org/10.1038/nrd1468] [PMID: 15286734]
[http://dx.doi.org/10.1093/bib/bbr013] [PMID: 21690101]
[http://dx.doi.org/10.1016/j.jhealeco.2016.01.012] [PMID: 26928437]
[http://dx.doi.org/10.1358/dnp.2009.22.1.1303817] [PMID: 19209298]
[http://dx.doi.org/10.1038/nrd.2017.232] [PMID: 29242609]
[http://dx.doi.org/10.1038/nrd3078] [PMID: 20168317]
[http://dx.doi.org/10.1126/scitranslmed.3002273] [PMID: 21715677]
[http://dx.doi.org/10.1016/j.drudis.2015.09.007] [PMID: 26376356]
[http://dx.doi.org/10.1038/nrd3555] [PMID: 21878973]
[http://dx.doi.org/10.1038/nrd3681] [PMID: 22378269]
[http://dx.doi.org/10.1016/j.tips.2013.03.004] [PMID: 23582281]
[http://dx.doi.org/10.1089/adt.2016.29041.pq4] [PMID: 30909710]
[http://dx.doi.org/10.4137/CMO.S2113] [PMID: 20689607]
[http://dx.doi.org/10.1016/j.tips.2013.06.005] [PMID: 23928289]
[http://dx.doi.org/10.1001/archgenpsychiatry.2007.43] [PMID: 18316672]
[http://dx.doi.org/10.3389/fphar.2017.00729] [PMID: 29075191]
[http://dx.doi.org/10.2337/db14-0287] [PMID: 24931035]
[http://dx.doi.org/10.2217/fnl-2016-0001 ]
[http://dx.doi.org/doi:10.1155/2016/6378137] [PMID: 27073698]
[http://dx.doi.org/10.1136/dtb.2007.45429] [PMID: 17451072]
[http://dx.doi.org/10.2174/1874312900701010001] [PMID: 19088893]
[http://dx.doi.org/10.1038/cddis.2013.549] [PMID: 24481452]
[http://dx.doi.org/10.2147/tcrm.s65558] [PMID: 26929636]
[http://dx.doi.org/10.4137/CMRH.S7337] [PMID: 24453509]
[http://dx.doi.org/10.1345/aph.1R501] [PMID: 23482732]
[http://dx.doi.org/10.1530/EDM-14-0083] [PMID: 25535576]
[http://dx.doi.org/10.1016/j.drudis.2013.11.005] [PMID: 24239728]
[http://dx.doi.org/10.1007/s10522-016-9660-x] [PMID: 27484416]
[http://dx.doi.org/10.18632/oncoscience.173] [PMID: 26244164]
[http://dx.doi.org/10.1016/j.phrs.2016.07.018] [PMID: 27431330]
[http://dx.doi.org/10.7150/ijbs.9224] [PMID: 25013375]
[http://dx.doi.org/10.1053/j.seminoncol.2015.09.009] [PMID: 26970131]
[http://dx.doi.org/10.1016/j.clon.2015.10.004] [PMID: 26520788]
[http://dx.doi.org/10.1038/ncomms10331] [PMID: 26831545]
[http://dx.doi.org/10.1002/wsbm.1337] [PMID: 27080087]
[http://dx.doi.org/10.1039/c3mb25382a] [PMID: 23493874]
[http://dx.doi.org/10.1002/cpt.318] [PMID: 26659699]
[http://dx.doi.org/10.1155/2013/742835] [PMID: 24171171]
[http://dx.doi.org/10.2174/1568026615666150826114524] [PMID: 26306988]
[http://dx.doi.org/10.1016/j.drudis.2015.12.007] [PMID: 26743596]
[http://dx.doi.org/10.1517/17460441.2015.1096926] [PMID: 26429153]
[http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btt279] [PMID: 23681121]
[http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkr299 ] [PMID: 21558322]
[http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bts186] [PMID: 22539672]
[http://dx.doi.org/10.1186/1752-0509-6-80] [PMID: 22748168]
[http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkq1037] [PMID: 21071407]
[http://dx.doi.org/10.1038/onc.2017.328] [PMID: 28967908]
[http://dx.doi.org/10.2174/1568026615666150112103510] [PMID: 25579574]
[http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-3572-7_23] [PMID: 27115647]
[http://dx.doi.org/10.1021/pr101009e] [PMID: 21184613]
[http://dx.doi.org/10.1016/j.drudis.2016.09.019] [PMID: 27693712]
[http://dx.doi.org/10.1158/2159-8290.CD-13-0183] [PMID: 24078773]
[http://dx.doi.org/10.18632/aging.100968] [PMID: 27191382]
[http://dx.doi.org/10.1021/acs.molpharmaceut.6b00248] [PMID: 27200455]
[http://dx.doi.org/10.1089/adt.2015.29015.beddrrr] [PMID: 26284286]
[http://dx.doi.org/10.1089/adt.2015.29009.hmedrrr] [PMID: 26241211]
[http://dx.doi.org/10.1093/bib/bbw136] [PMID: 28200013]
[http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkw993] [PMID: 27789690]
[http://dx.doi.org/doi:10.1093/nar/gkw1055] [PMID: 27899665]
[http://dx.doi.org/10.1038/nm.4306] [PMID: 28388612]
[http://dx.doi.org/10.1186/s12859-016-0931-y] [PMID: 26860211]
[http://dx.doi.org/10.1186/s12864-016-3260-7] [PMID: 28198666]
[http://dx.doi.org/10.1126/science.1132939] [PMID: 17008526]
[http://dx.doi.org/10.1093/database/baw083] [PMID: 27189611]
[http://dx.doi.org/10.1038/nbt.2151] [PMID: 22491277]
[http://dx.doi.org/10.1093/bib/bbr005] [PMID: 21712342]
[http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0040946] [PMID: 22911721]
[http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-0709-0_14] [PMID: 24788271]
[http://dx.doi.org/10.1016/j.jbi.2014.10.002] [PMID: 25445920]
[http://dx.doi.org/10.1093/bib/bbw030] [PMID: 27113728]
[http://dx.doi.org/10.1093/bib/bbw110] [PMID: 27881429]
[http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0177743] [PMID: 28562632]
[http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btv256] [PMID: 26072486]
[http://dx.doi.org/10.1038/sdata.2017.29] [PMID: 28291243]
[http://dx.doi.org/doi:10.1007/978-1-4939-8955-3]
[http://dx.doi.org/10.1038/s41598-018-23609-7] [PMID: 29615643]
[http://dx.doi.org/10.1038/clpt.2013.1] [PMID: 23443757]
[http://dx.doi.org/10.1016/j.tips.2017.12.002] [PMID: 29295742]